Um das abzustellen, musst du einfach die Einstellung "Fenster beim Beenden und erneuten Öffnen von Programmen wiederherstellen" in Systemeinstellungen > Allgemein deaktivieren. 

Solltest du dennoch mal beim Beenden eines Programms wissen, dass du beim nächsten Öffnen des Programms die Fenster wiederhergestellt haben möchtest, kannst du das erreichen, indem du beim Beenden des Programms (über das Menü oder durch Drücken von Cmd+Q) die Alt Taste gedrückt hältst (also bei der Auswahl des Menüeintrags "PROGRAMMNAME beenden" die Alt-Taste gedrückt halten, der Menüeintrag ändern sich dann in "Beenden und Fenster beibehalten"; oder aber das Programm mit Cmd+Alt+Q beenden).